Sigo difiriendo (con todo respeto para el Doctor) por varias razones:
1.- No hay lios, lo mismo que vas a hacer en una parte lo harás en otra (salvo administrar los DNS quizá).
2.- Es más probable que con una empresa que se dedica al registro de dominios tengas un mejor servicio en base a esto que con un proveedor de
hosting 
que revende el registro.
3.- Obtendrás mejores precios y promociones (como las que anteriormente mencioné) definitivamente, por lógica, que alguien que revende el registro. Como ejemplo, en namecheap.com los
.com cuestan $9.69 USD en alojalia.com y cdmon.com cuestan 9,95 EUROS
4.- Cualquier trámite lo harás directamente con el registrante y no tendras intermediarios.
5.- Nada es para siempre, aún siendo una empresa respetable quizá llegue el momento que decidas cambiar de proveedor de
hosting 
, para que esperar el proceso de transferencia en caso de querer mover tu
dominio 
a otro lado.
6.- En caso de que quisieras vender/traspasar tu
dominio 
a una tercera persona sin incurrir en el costo de transferencia sólo bastaría crear una cuenta (si no existiera) dentro del mismo registrante (namecheap.com) y hacer un "push" con el
dominio 
y listo, se transfiere sin costo alguno.
En fin, son varias las ventajas que tuvieras al registrarlo aparte por encima de sólo evitar administrar los DNS de tu
dominio 
si lo registras con tu proveedor de
hosting 
, además que siempre es bueno saberlo hacer.
Saludos
